고추의 원산지는 남미 아마존강 유역이며 1493년 콜럼부스가 스페인으로 가져가 유럽에 전파하였고 17세기경 중국, 일본에 전파되었다. 고추는 열대 아메리카가 원산으로 재배 고추의 원생종은 미국 남부로부터 아르헨티나 사이에 분포되어 있고, 종류에 따라서는 컬럼버스시대 이전에 이미 상당히 광범위하게 재배되었던 것이다. 따라서 재배고추의 원산지는 명확하지 않다.
고추는 멕시코에서 기원전 6500년경의 유적으로부터 C. annuum으로 추정되는 종류가 출토되었으며, 기원전 850년경에는 재배가 확실했던 것으로 알려져 있다.

인도에서는 1542년에 이미 3계통이 전파되었으며 인도와 동남아시아에서는 환경이 원산지와 비슷하여 재배가 용이하였다. 1400년대 유럽에서는 후추를 귀하게 여겼는데 콜럼부스를 따라 항해했던 쟌가라는 사람이 멕시코 원주민들이 '아기'라는 이름의 후추보다 더 맵고 빛깔이 붉고 고추를 향신료로 사용하는 것을 발견하고 이를 붉은 후추(RED PEPPER)라 하여 유럽에 전하였다고 한다.
16세기 동양에 전파된 후 특히 인도 등 동남아시아에서는 17세기 경에 많은 품종이 재배되었다. 이들 지역에서는 오늘날 고추 없이는 식생활이 어려울 정도로 중요한 향신식품이 되어 소비량이 많고 세계적인 생산지로 발달되었다.
중국에 전파된 시기는 명조말경이라 하며, 일본에는 1542년 포르투칼인에 의해 담배와 함께 전파되었다는 남방도입설과 임진왜란때 장수로서 우리나라에 왔던 가등청정이 우리나라로부터 가져갔다는 북방도입설이 있다.
우리나라 도입
우리나라에는 1614년 광해군 6년 이수광이 저술한 지봉유설에 고추를 가르키는 남만초의 기록이 있고, 도입시기는 임진왜란(1592 ~ 1598) 이전으로 추정된다. 그 후 1710년 숙종36년에 중국에서 도입된 기록이 있다.
- 광해군 6년(1614년) 이수광이 저술한 지봉유설에 고추를 가리키는 '남만초(南蠻草)' 라는 기록이 있음.
- 이익의 성호사설(1723년)에서 왜인칭번초 아국칭 왜초(倭人稱番椒我國稱倭椒)라 되어있음.
- 1715년경의 홍만익의 산림경제(山林經濟)에서는 고추를 남초(南椒)라 하면서 그 재배법이 설명되어 있음.
- 1776년의 류중임의 증보산림경제(增補山林經濟) 에서는 '고추 가운데 짧고 껍질이 두꺼운 한 품종이 있어서 이것을 특히 당초(唐椒)라 한다'고 기록되어 있음.
- 1850년경에 이규경이 편찬한 오주연문장전산고 (五洲衍文長箋散稿) 에 번초(蕃椒), 고초(苦椒), 남만초(南蠻草) 등의 명칭과 도입경로에 관한 기록이 있음.