영양고추의 수확은 진홍색으로 색이 들고 주름이 생겼을 때 수확하며 꽃핀후 45 ~ 50일경 젓산온도가 1,000 ~ 1,300℃일때 수확하는 것이 좋다. 미수과의 경우 수확되면 1 ~ 2일 후숙 후 건조한다.
선별 및 포장
등급은 특, 상, 보틍으로 나누어지며 포장규격은 3kg, 6kg, 10kg, 20kg이다.

크기구분
- 재래종 : 특대 8cm이상, 대 6~8cm, 중 4~6cm, 하 4cm이하
- 장과종 : 특대 12cm이상, 대 10~12cm, 중 8~10cm, 하 8cm이하
- 중과종 : 특대 10cm이상, 대 8~10cm, 중 6~8cm, 하 6cm이하
- 당과종 : 특대 8cm이상, 대 6~8cm, 중 4~6cm, 하 4cm이하
표시항목
품목, 품종명, 매운맛 정도, 산지, 등급, 크기구분, 생산자성명, 생산자주소, 중량